Les collections du musée, labellisées "Musées de France" rassemblent des vestiges archéologiques collectés sur le site qui témoignent de 1 000 ans d'histoire tourmentée de l'abbaye.

Les murs de l'ancien cachot sont ornés par des gravures, réalisées par les prisonniers entre les XVIe et XVIIIe s.

Inclus dans les deux formules de visite de l'Abbaye, guidée ou en autonomie.